Macross Delta is set in the year 2067, 8 years after the events of the latest Macross TV series, Macross Frontier. The story focuses on Walküre, a team of talented idols and the Delta Squadron, a team of experienced Valkyrie pilots as they battle against the Var Syndrome, a mysterious phenomena that is consuming the galaxy and there is also the mysterious Aerial Knights Valkyrie fighter team of the Kingdom of Wind.

勇、卡尔德和谬是从小在伊甸行星一起长大的老朋友。勇与卡尔德以航空事业为职志，谬则希望成为歌手。然而，当三人在高中毕业时，因为一次不预期的意外，使得三人就此各分东西。而谬也为此放弃了成为歌手的理想，成为一个现实的商人。 2040年，为了替换雷霆式战斗机，统合军方展开了一项名为超新星的计划，开发新一代的可变型战斗机。是时，卡尔德以通用银河公司的试飞主任的身分，于伊甸行星上的新爱德华基地负责YF-21的测试工作。已是统合军中尉的勇也在此时调返故乡，以试飞员的身分加入超新星计划，为另一竞争团队试飞YF-19。而成为夏浓之苹果经纪人的谬，则是为了公司的造势活动而回到伊甸。在不预期的机缘中，三人终于又同时回到故乡。这样的重逢，挑起了他们心中尘封已久的心结。在新仇加旧恨下，勇与卡尔德两人在超新星计划中开始了激烈的互角。 同时，统合军也正在进行一项秘密计划——开发取代有人飞机的无人战斗机鬼魂X-9，并将于第一次宇宙大战胜利纪念日发表。这一阴影，正要降临在超新星计划与两位主角的身上。这一次，他们将为过去的矛盾作出最后的总决算..........

Less than a year after the war between the Macross 7 Fleet and the Protodeviln, Basara leaves Fire Bomber and travels to the planet Zola. There, he meets a girl named Elma, who is a big fan of Fire Bomber. It is also on this planet where he must once again use his Spiritia powers; this time, to stop an army of poachers and Elma's father Graham from killing a group of space whales traveling within the planetary system.

勇、卡爾德和謬是從小在伊甸行星一起長大的老朋友。勇與卡爾德以航空事業為職志，謬則希望成為歌手。然而，當三人在高中畢業時，因為一次不預期的意外，使得三人就此各分東西。而謬也為此放棄了成為歌手的理想，成為一個現實的商人。 　　2040年，為了替換雷霆式戰鬥機，統合軍方展開了一項名為超新星的計畫，開發新一代的可變型戰鬥機。是時，卡爾德以通用銀河公司的試飛主任的身分，於伊甸行星上的新愛德華基地負責YF-21的測試工作。已是統合軍中尉的勇也在此時調返故鄉，以試飛員的身分加入超新星計畫，為另一競爭團隊試飛YF-19。而成為夏濃之蘋果經紀人的謬，則是為了公司的造勢活動而回到伊甸。在不預期的機緣中，三人終於又同時回到故鄉。這樣的重逢，挑起了他們心中塵封已久的心結。在新仇加舊恨下，勇與卡爾德兩人在超新星計畫中開始了激烈的互角。 　　同時，統合軍也正在進行一項秘密計畫——開發取代有人飛機的無人戰鬥機鬼魂X-9，並將於第一次宇宙大戰勝利紀念日發表。這一陰影，正要降臨在超新星計畫與兩位主角的身上。這一次，他們將為過去的矛盾作出最後的總決算....

Half retelling of the original Frontier series, half new story. Conspiracies arise within the Frontier government when Sheryl Nome arrives to the colonial fleet for her concert and is soon marked as a spy for Galaxy while childhood friends, Alto Saotome and Ranka Lee both try to achieve their dreams as the battle between Frontier and the Vajra draws closer.

A.D.1999，由坠落地球的“谜之战舰”(之后被称之为Macross)带来的Over Technology(オーバーテクノロジー)，揭示了人类历史和远古文明 Proto Culture (プロトカルチャー)之间的丝丝联系。促使人类终止彼此间的战争，一方面面对强大的异星人势力 Zentraedi(ゼントラーディ)和Proto Deviln(プロトデビルン)，用“文化的力量”寻找生存之道，一方面向着银河系进行移民而寻求新天地。 最初的Macross，被看作改变了地球宇宙历史的“命运之船”！ BigWest(ビックウエスト)制作，Studio Nue(スタジオぬえ)原作之Anime。1982年初代“超时空要塞Macross”(超时空要塞マクロス)放送以来，总共作品：3部TV，5部OVA，5部Movie，更兼有相关音乐，玩具模型，游戏发表。“可变战机Valkyrie”(バルキリー)、“歌”以及“三角关系之爱恋”成为 Macross系列永恒不变的主题。

A.D.1999，由坠落地球的“谜之战舰”(之后被称之为Macross)带来的Over Technology(オーバーテクノロジー)，揭示了人类历史和远古文明 Proto Culture (プロトカルチャー)之间的丝丝联系。促使人类终止彼此间的战争，一方面面对强大的异星人势力 Zentraedi(ゼントラーディ)和Proto Deviln(プロトデビルン)，用“文化的力量”寻找生存之道，一方面向着银河系进行移民而寻求新天地。 最初的Macross，被看作改变了地球宇宙历史的“命运之船”！ BigWest(ビックウエスト)制作，Studio Nue(スタジオぬえ)原作之Anime。1982年初代“超时空要塞Macross”(超时空要塞マクロス)放送以来，总共作品：3部TV，5部OVA，5部Movie，更兼有相关音乐，玩具模型，游戏发表。“可变战机Valkyrie”(バルキリー)、“歌”以及“三角关系之爱恋”成为 Macross系列永恒不变的主题。